Novosibirsk là thành phố lớn thứ ba ở Nga (chỉ sau thủ đô Moskva và St. Petersburg) và là thành phố đầu tiên ở Siberia, nơi một hệ thống tàu điện ngầm được thành lập (Tàu điện ngầm Novosibirsk, được khai trương vào năm 1985). Đây là một điểm dừng chính trên Đường sắt xuyên Sibir và đầu phía bắc của Đường sắt Turkestan-Siberia. Thành phố được phục vụ bởi sân bay Tolmachevo với các chuyến bay thường xuyên đến châu Âu và châu Á cũng như các thành phố khác của Nga. Tolmachevo là trung tâm của S7 Airlines. Ngoài ra còn có sân bay Yeltsovka phụ trợ. Một lĩnh vực nhỏ hơn cho hàng không chung tại sân bay Novosibirsk Severny đã bị đóng cửa vào năm 2012.

Từ các phương thức vận tải khác, có một chiếc xe buýt (ra mắt năm 1923), xe điện (ra mắt năm 1934), xe đẩy (ra mắt năm 1957) và marshrutkas.